Doktor Bashir angażuje się w tajną misję jako agent Julian. Przyłącza się do niego Garak. Sisko, O'Brien, Jadzia Dax, Worf i Kira odkrywają, że ich transporter został celowo uszkodzony.

Szanowany klingoński wojownik Kor przybywa na stację. Prosi załogę o pomoc w odnalezieniu legendarnego miecza Kahlessa. Zdobycie go jest warunkiem zjednoczenia Imperium Klingonów.

Quark, Rom i Nog wyruszają na Ziemię, gdzie mieści się Akademia Gwiezdnej Floty. Podczas podróży dochodzi do serii wypadków. W efekcie tego załoga odbywa podróż w przeszłość, do 1947 roku.

Kapitan Sisko zostaje poproszony o pomoc w negocjacjach Ferengich z przedstawicielami rasy Karemma. W trakcie rozmów statek Karemma zostaje zaatakowany przez siły Jem'Hadar.

Na Deep Space Nine przybywa grupa naukowców, prowadzących badania nad tunelami nadprzestrzennymi. Jest wśród nich drLenara Kahn, podobnie jak por. Dax należąca do symbiontycznej rasy Trill.

Kira dowiaduje się, że odnaleziono zaginioną jednostkę kardasjańską, 'Ravinok', ale Sisko nakazuje wstrzymać śledztwo w tej sprawie. O pomoc prosi Kirę przedstawiciel kardasjańskich władz.

Doktor Bashir z pomocą O'Briena prowadzą badania biometryczne w Kwadrancie Gamma. Zostają wzięci do niewoli przez grupę Jem'Hadar. Porywacze żądają od nich leku na uzależnienie od nałogu.

Starzejący się Jake Sisko przyjmuje wizytę początkującej pisarki Melanie. Syn Bena wyjaśnia jej, dlaczego przestał pisać w wieku 40. lat. Opowiada także o kulisach śmierci ojca w wypadku.

Zaostrza się konflikt z Klingonami. Ich oddziały atakują Kardasję, aby obalić nowo utworzony cywilny rząd tej planety. Podwładni komandora Sisko ratują życie kilku członków byłych władz.

Na stację potajemnie przedostają się liczne oddziały Klingonów. Zamierzają wesprzeć sojuszników z Federacji. Komandor Sisko sprowadza na pokład klingońskiego porucznika Worfa.

Trwa impreza z okazji awansu Sisko. Ambasador Federacji informuje, że doszło do zamachu stanu na terytorium cywilizacji Tzenkethi. Kapitan Sisko wyrusza na teren konfliktu.

Jadzia Dax przygotowuje się do rytuału Zhian'tara, w którym poprzedni gospodarz symbiontu jest wskrzeszany w ciele innego organizmu. W ten sposób nowy gospodarz poznaje poprzedniego.

Kai Winn prosi Kirę o pomoc w sporze z dawnym kompanem Shakaarem. Dawny przywódca, teraz farmer, nie chce oddać pożyczonych rekultywatorów. Bez nich Bajor nie przygotuje żywności na eksport.

Do baru Quarka wpada urzędnik Ferengi i umieszcza mu na drzwiach nakaz inspekcji podatkowej. Chodzi o nielegalne zarobki matki. Quark ma wrócić na planetę i przekonać ją do wyjawienia winy.

Sisko ze schematów znalezionych w bajorańskim muzeum starożytności odrestaurowuje 800-letni statek. Razem z Jakiem rusza nim na testowy lot. Bashir spotyka się z koleżanką ze studiów.

Do stacji zbliżają się wrogie siły Romulan i Kardasjan. Sisko jest gotowy do walki, ale oddziały nagle wkraczają w tunel nadprzestrzenny. Zmierzają w kierunku rodzimej planety Założycieli.

Sklep Garaka zostaje wysadzony w powietrze. O'Brien znajduje pozostałości bomby wskazujące na flaksyjskich zabójców. Odo przesłuchuje jedynego Flaksjanina na pokładzie Deep Space Nine.

O'Brien uprowadza Sisko. Ten orientuje się, że porywacz to Smiley - odpowiednik O'Briena z równoległego świata. Sisko trafia do alternatywnej rzeczywistości. Ma zastąpić swoje alter ego.

Dr Bashir odmawia Altovarowi sprzedaży zakazanego żelu. Zaatakowany przez niego, traci przytomność. Budzi się i widzi, że systemy komputerowe nie działają, a stacja wygląda na opuszczoną.

Podczas naprawy induktora O'Brien ma wypadek. Zostaje porażony promieniowaniem w wyniku wybuchu plazmy. Odkrywa, że potrafi przemieszczać się w o kilka godzin w przyszłość.

Wielki Nagus Zek całkowicie zmienia 'Zasady Zaboru Ferengi'. Quark i Rom są zaskoczeni. Szczególnie dziwią ich zapisy o filantropii. Nowe reguły mogą zaważyć na stabilności Imperium Ferengi.

Na stację przybywa grupa kardasjańskich naukowców, pracujących nad przekaźnikami w Kwadrancie Gamma. Vedek Yarka ostrzega Sisko przed spełnieniem się pewnej bajorańskiej przepowiedni.

Kira i Odo wracają na stację z wyprawy w okolice terytorium Kardasjan. Okazuje się, że okręt Maquis zaatakował inny statek. Zaczynają śledzić statek najeźdźcy. Trafiają na bezludny księżyc.

Podczas podróży dochodzi do wypadku, w którym Vedek Bareil zostaje ranny. Sisko dowiaduje się od Kai Winn, że Kardasjanie wypłacą Bajoranom odszkodowanie za okres okupacji.

Zagubieni w przeszłości członkowie stacji chcą wrócić do swojej epoki. Komandor próbuje naprawić zmiany w linii czasu. Przyjmuje rolę Gabriella Bella, którego ludzie uznają za bohatera.

Por. Jadzia Dax, dr Bashir i komandor Sisko trafiają do San Francisco w 2024 r. W mieście trwa rebelia. Bashir i Sisko trafiają do schroniska dla bezdomnych, a Jadzia pod opiekę biznesmena.