Doktor Bashir próbuje pomóc grupie ludzi, którzy podobnie jak on są ofiarami eksperymentów genetycznych. Cierpią oni na choroby psychiczne.

Na stację przybywa odpowiednik Vedeka Bareila ze świata równoległego. Budzi zainteresowanie major Kiry, która nie wie, że on coś knuje.

Sisko jest dumny, że na Deep Space Nine znowu są flagi bajorańskie, klingońskie i Federacji. Worf i Jadzia Dax przygotowują się do ślubu.

Kapitan Sisko zamierza odzyskać kontrolę nad Deep Space Nine i powstrzymać wroga przed zniszczeniem zabezpieczeń tunelu nadprzestrzennego.

Odo waha się: poprzeć przyjaciółkę ze Zmiennokształtnych czy pozostać lojalnym wobec ruchu oporu. Sisko przygotowuje się do pewnej misji.

Major Kira i jej zwolennicy za wszelką cenę próbują nie dopuścić do rozbrojenia pola minowego Federacji przez okupanta stacji.

Syn Worfa, Alexander, patroluje z ojcem przestrzeń kosmiczną. Ojciec przedstawia mu różne sposoby przetrwania klingońskich wojowników.

Sisko zmaga się ze skutkami katastrofy okrętu Jem'Hadar. Statek rozbija się na tajemniczej planecie. Dr Bashir walczy o życie Jadzi Dax.

Mija kilka miesięcy od przejęcia Deep Space Nine przez wrogie siły Dominium. Na okupowanej jednostce przebywają zakładnicy. Wśród nich Jake.

Jednostki militarne Dominium wkraczają do Kwadrantu Alfa. Aby zapobiec starciu, Sisko postanawia zaminować tunel nadprzestrzenny, co doprowadza do konfliktu między Dominium i Federacją

Jake i Nog postanawiają podnieść na duchu Bena i zdobyć kartę bejsbolową z Williem Maysem z 1951 roku. Zadanie to okazuje się niezwykle trudne i naraża ich na oskarżenia o kradzież sprzętu.

Stacja kosmiczna zostaje zniszczona. O'Brien zbiera ekipę, która ma zająć się naprawą. Zamierza wykorzystać części z opuszczonej przez Kardasjan stacji Empok Nor o podobnej konstrukcji.

Sisko dowiaduje się, że rebelianci z Maquis planują zaatakować Kardasję przy użyciu praktycznie niewykrywalnej broni. Ma to wywołać wielki konflikt zbrojny. Kapitan musi temu zapobiec.

Statek kosmiczny o nazwie Defiant przechodzi przez barierę wokół planety w Kwadracie Gamma. Jego mieszkańcami okazują się potomkowie załogi DS9 pochodzący sprzed dwustu lat.

Worf i Dax dołączają do załogi statku kierowanego przez generała Martoka. To pierwsza jego misja od czasu wyjścia z więzienia Dominium. Wkrótce natrafiają na statek wojenny.

Quark odkrywa, że jego matka, Ishka, ma romans z Wielkim Nagusem Zekiem. Po powrocie na stację Leeta i Rom decydują się zawrzeć związek małżeński.

Przeciwnik sojuszu Kardasjan z Dominium prosi Kirę o pomoc. Zamierza wyjawić tajemnice, które mogą zaszkodzić wrogom. Kira przed podjęciem decyzji musi uporać się z bolesnymi wspomnieniami.

Quark ma problemy ze spłatą długów. Jeśli ich nie zwróci, będzie musiał zamknąć bar. Jego kuzyn proponuje mu pracę handlarza bronią. O'Brien musi zająć się synkiem. Jake oferuje mu pomoc.

Odo traci głowę dla tajemniczej Arissy. Nie wie, że próbowała się włamać do systemu komputerowego stacji. Wkrótce okazuje się, że Arissa jest tajną agentką na usługach rządu rasy Idanian.

Na stację przybywa dr Zimmerman, autor programu do tworzenia wirtualnych lekarzy. Bashir ma szansę stać się modelem dla postaci cybernetycznego medyka. Plany może pokrzyżować pewien sekret.

Worf i Garak zostają pojmani przez wojska Jem'Hadar i internowani. Załoga odkrywa, że urządzenia tracą sygnał. W obawie przed atakiem sił Dominium zostaje zamknięty tunel nadprzestrzenny.

Na stację dociera zaszyfrowana wiadomość z Kwadrantu Gamma. Dawny mentor Garaka, Kardasjanin Enabran Tain, wciąż żyje. Garak i Worf rozpoczynają śledztwo. Trop prowadzi do generała Martoka.

Sisko spotyka Michaela Eddingtona, byłego oficera załogi stacji. Kiedyś dopuścił się on zdrady i obecnie jest przywódcą rebeliantów z Maquis. Eddington ucieka. Kapitan organizuje pościg.

Nadchodzi dzień porodu major Kiry, która spodziewa się potomka O'Brienów. Załoga stacji dokłada wszelkich starań, by dziecko przyszło na świat zgodnie z bajorańską tradycją.

Major Kira otrzymuje tajemnicze wiadomości o tym, który z jej byłych towarzyszy z ruchu oporu czasie straci życie. Ona może być następnym celem. Próbuje ostrzec działaczy.przed zagrożeniem.