Sisko z major Kirą i Jadzią Dax podziwiają malowidło ukazujące zaginione starożytne miasto B'hala. Kapitan próbuje zlokalizować ruiny B'hali za pomocą komputera. Doznaje dziwnych wizji.

Jake postanawia wyprowadzić się od ojca i zamieszkać w osobnej kwaterze. Jego współlokatorem ma być Nog, który wrócił z akademii. Prowadzą odmienny tryb życia, co komplikuje ich relacje.

Sisko, Odo, Jadzia Dax i Garak wracają z konferencji poświęconej okupacji planety Bajor przez Kardasjan. Mają halucynacje. W swoich wizjach przenoszą się w przeszłość do czasów okupacji.

Worf, Jadzia Dax, Bashir z Leetą oraz Quark, szef Leety, wyruszają na planetę Rise. Klingoński porucznik i Jadzia zamierzają spędzić wspólnie więcej czasu. Worf jest zazdrosny o Arandis.

Na stację przybywają inspektorzy. Wypytują Sisko, dlaczego zezwolił na podróż w czasie jednostki USS 'Defiant'. Kapitan wspomina wyprawę na Kardasję, skąd przywiózł bajorański kamień czasu.

Na stację wraca Keiko, żona O'Briena. Informuje, że nie jest jego prawowitą małżonką, ale istotą, która zawładnęła jej ciałem. Grożąc zabiciem Keiko i jej córki, domaga się zmian na stacji.

Jake i doktor Bashir wracają z konferencji medycznej. Syn Sisko planuje artykuł na temat specjalisty, który ubolewa, że uczestnicy sesji uznali jego odkrycia za kontrowersyjne.

Na stację przybywa Klingonka Grilka, była żona Quarka. Worf jest nią zauroczony. Przeszkodą są problemy obyczajowe. Sytuację komplikuje Quark, który prosi Worfa o pomoc w odzyskaniu żony.

Sisko, Dax, O'Brien, Worf i Muniz poszukują na planecie cennych minerałów i natrafiają na wrak rozbitego statku Jem'Hadar. Okazuje się, że nie tylko oni są nim zainteresowani.

Kapitan Sisko i pozostali członkowie załogi wyruszają w niebezpieczną misję. Mają za zadanie ujawnić, że Gowron zamierza doprowadzić do wojny między Federacją a imperium klingońskim.

Odo cierpi z powodu tajemniczych objawów. Kiedy jego stan się pogarsza, postanawia udać się w swoje rodzinne strony, na planetę Zmiennokształtnych. Ma nadzieję, że jego rodacy mu pomogą.

Quark jest przekonany, że cierpi na śmiertelną chorobę i niebawem umrze. Postanawia sprzedać swoje narządy. O'Brien dowiaduje się, że jego ciężarna żona Keiko została poszkodowana w wypadku.

Podczas wyprawy w Kwadrancie Gamma doktor Bashir, major Kira i porucznik Dax odbierają niepokojącą wiadomość z Teplan. Trójka podwładnych Sisko postanawia sprawdzić fatalne doniesienia.

Grupa renegatów przejmuje kontrolę nad starożytnymi wrotami. Rebelianci mogą zaatakować każdy rejon w Kwadrancie Alfa. By ich powstrzymać, załoga Sisko współpracuje z władzami Federacji.

Załoga otrzymuje informacje o planach Kardasjan. Odo i Eddington informują Sisko o podejrzeniach względem jego kochanki. Ostrzegają, że może ona być przemytniczką pracującą dla rebeliantów.

Ciężarna Lwaxana Troi błaga Odo o pomoc. Zgodnie z prawem obowiązującym przedstawicieli tavniańskiej rasy po narodzinach jej syn do 16 roku życia ma przebywać wyłącznie wśród mężczyzn.

Na stację przybywa Jennifer, była żona Bena. Niebawem znika z zafascynowanym nią Jakem. Ben odkrywa, że Jennifer zabrała jego syna do równoległego świata. Sisko chcre ratować Jake'a.

O'Brien zostaje skazany na 20 lat wirtualnego więzienia za szpiegostwo. Po odbyciu kary próbuje wrócić do codziennych obowiązków na stacji. Załoga jest zaniepokojona jego zachowaniem.

Worf zostaje oskarżony o zniszczenie klingońskiego okrętu z cywilami na pokładzie. Podczas bitwy wydał bowiem rozkaz do ataku na statek, w wyniku którego zginęło ponad 400 pasażerów maszyny.

Bajorański poeta Akorem Laan wyłania się z tunelu nadprzestrzennego. Artysta przekonuje Sisko, że jest prawdziwym Wysłannikiem. Jego pomysły na odnowę duchową Bajoran budzą wątpliwości Kiry.

Pracownicy baru Quarka buntują się przeciwko nieuczciwym działaniom swojego szefa. Wbrew prawu rasy ferengich organizują związek zawodowy, na czele którego staje Rom. Dochodzi do strajku.

Na stację przybywa Kurn, brat Worfa. Kiedyś okrył hańbą rodzinę. Kurn prosi brata o odprawienie rytuału, podczas którego zostanie zabity przez Worfa. Zyska wtedy nowe życie i odkupi winy.

Gul Dukat ma szansę przysłużyć się kardasjańskim władzom oraz poprawić swoją fatalną opinię. Placówka zwiadowcza Kardasjan zostaje zaatakowana przez Klingonów. Gul może się zrehabilitować.

Odo ma ochraniać premiera Shakaara. W trakcie służby odkrywa, że polityk nawiązał romans z Kirą, w której od pewnego czasu podkochuje się podwładny Sisko. Odo czuje się zraniony.

Sytuacja polityczna na Ziemi jest bardzo trudna. Wprowadzono stan wojenny, a oddziały są przygotowane do odparcia spodziewanego ataku Dominium. Odo przybywa z zaskakującą wiadomością.

Pojawiają się podejrzenia, że na Ziemi działają Zmiennokształtni z misją infiltrowania mieszkańców. W tej sytuacji Dowództwo Gwiezdnej Floty deleguje Sisko na szefa sił bezpieczeństwa.