Lana zapisuje się na uniwersytet i zostaje przyjęta do studenckiego stowarzyszenia. Jej nowe koleżanki podczas inicjacji zamieniają ją w wampira i instruują, jak ma zabić Clarka.

Prof. Fine proponuje Clarkowi posadę asystenta przy badaniu eksperymentów LuthorCorp. Firma ta wyprodukowała broń o nazwie Lewiatan. Clark i prof. Fine zawierają sojusz przeciwko Luthorowi.

Chloe prosi o pomoc w sprawie swojego przyjaciela, Gabriela. Chce on wystrzelić rakietę, która zniszczy Smallville. Clark w pojedynku z Gabrielem zostaje postrzelony i umiera.

Jor-El pozbawia mocy Clarka, który staje się zwykłym śmiertelnikiem. Z zakładu psychiatrycznego wymyka się trójka pacjentów, którzy potrafią kontrolować energię. Biorą zakładników.

W Fortecy Samotności dochodzi do konfrontacji Clarka z jego ojcem Jor-Elem. Tymczasem w Smallville ląduje statek kosmiczny z dwójką Kryptonian na pokładzie, którzy szukają Clarka.

Wirus profesora Fine'a atakuje miliony ludzi. Fine za przekazanie szczepionki żąda uwolnienia groźnego więźnia. Clark zwraca się o pomoc do Lionela, a ten z kolei przywołuje Jor-Ela.

Clarkowi ukazuje się duch przybranego ojca. Jonathan chce, by chłopak zabił Lionela. Kent jest zdziwiony i przerażony. Lex wynajduje szczepionkę na śmiercionośnego wirusa profesora Fine'a.

Clark ratuje życie nieznajomemu. Okazuje się, że ocalony jest płatnym mordercą, który gotów jest zabić Leksa. Clark postanawia porozmawiać z Laną o jej związku z Luthorem.

Prześladowca więzi Lionela i zmusza go do udziału w grze o życie. Martha chroni Clarka i sama wystawia się na niebezpieczeństwo. Staje się pionkiem w wymyślonej przez psychopatę zabawie.

Clark i Martha przygarniają Maddie, córkę zamordowanej Naomi. Okazuje się, że dziewczynka ma nadludzką moc. Wkrótce zostaje porwana przez ojca. On również nie jest zwykłym człowiekiem.

Lana rozstaje się z Clarkiem i bardzo cierpi. Zażywa leki. Zapada w śmierć kliniczną, co pozwala jej spotkać się z rodzicami. Młody Kent chce ją ratować, ale traci kontakt z rzeczywistością.

Lex jedzie do Hondurasu, by spotkać się z prof. Fine'em. Uwodzicielka Simone hipnotyzuje Clarka. Chłopak wyznaje jej. że ma nadludzką moc. Piękność chce, by młody Kent zabił Leksa.

Dr Hong uwalnia Victora, pół robota, pół człowieka, który był poddawany eksperymentom. Podczas ucieczki wpada on pod samochód Lany. Nie ma nawet siniaków. Lana chce, by Clark zbadał sprawę.

Lois znajduje ukryte zwłoki zamordowanej dziewczyny. Niechcący uwalnia jej ducha, którego widzi Chloe i opowiada o tym innym, ale nikt jej nie wierzy. Clark pomaga w poszukiwaniach zabójcy.

Clark poszukuje Anioła Zemsty, który przypomina Andreę Rojas, koleżankę ze szkoły Chloe. Martha zostaje napadnięta przez złodziei. Jej przybrany syn opuszcza zajęcia, by pomóc na farmie.

Clark wyznaje Lanie swój sekret. Dochodzi do tragicznego wypadku, w którym Kent może stracić kogoś, na kim bardzo mu zależy. Wraca więc do Fortecy Samotności, aby błagać Jor- Ela o pomoc.

Policjanci, którzy widzieli statek kosmiczny, przetrzymują Leksa i Lanę. Lex zostaje postrzelony podczas próby ucieczki. Jonathan chce, aby Martha dowiedziała się prawdy o Lionelu.

Lex kandyduje na senatora. Zakochana w nim Samantha Drake chce pozbyć się Jonathana Kenta, który ma w sondażach większe poparcie. Wykorzystuje do tego szefową jego kampanii - Lois.

Lex zapada w śpiączkę. Miewa wizje, w których cieszy się powszechnym szacunkiem. Stracił jednak zaufanie Lionela. Lana dostaje zapaści i Luthor musi podjąć kilka ważnych decyzji

Martha zostaje zarażona nieznaną chorobą. Fine twierdzi, że jedynym lekiem jest zniszczenie Fortecy Samotności. Clark powstrzymuje profesora, który znika wraz ze statkiem z hangaru Leksa.

Clark otwiera paczkę ze srebrnym kryptonitem. Pod wpływem działania kryształu ma halucynacje. Lex chce zbliżyć się do Lany. Prof. Fine ujawnia swoją tożsamość i pomaga Clarkowi.

Lois widzi, jak zostaje potrącona młoda Melissa, która wcześniej błagała ją o spotkanie. Rozpoczyna śledztwo w sprawie jej śmierci. Na farmie Kentów zjawia się dawny przyjaciel Jonathana.

Prof. Fine proponuje Clarkowi posadę asystenta przy badaniu eksperymentów LuthorCorp. Firma ta wyprodukowała broń o nazwie Lewiatan. Clark i prof. Fine zawierają sojusz przeciwko Luthorowi.

Lana zapisuje się na uniwersytet i zostaje przyjęta do studenckiego stowarzyszenia. Jej nowe koleżanki podczas inicjacji zamieniają ją w wampira i instruują, jak ma zabić Clarka.

Chloe prosi o pomoc w sprawie swojego przyjaciela, Gabriela. Chce on wystrzelić rakietę, która zniszczy Smallville. Clark w pojedynku z Gabrielem zostaje postrzelony i umiera.

Jor-El pozbawia mocy Clarka, który staje się zwykłym śmiertelnikiem. Z zakładu psychiatrycznego wymyka się trójka pacjentów, którzy potrafią kontrolować energię. Biorą zakładników.

W Fortecy Samotności dochodzi do konfrontacji Clarka z jego ojcem Jor-Elem. Tymczasem w Smallville ląduje statek kosmiczny z dwójką Kryptonian na pokładzie, którzy szukają Clarka.