Clark znajduje brakujący kawałek statku kosmicznego, którym przybył na Ziemię, co pozwala uruchomić pojazd. To z kolei daje Clarkowi pierwszą wskazówkę związaną z jego pochodzeniem.

Po eksplozji meteorytu Lana może patrzeć oczyma innych ludzi. Dowiaduje się, że Chloe została porwana i pogrzebana żywcem. Lex znajduje dowód, że w Smallville wylądował statek kosmiczny.

Justin wraca do szkoły po wypadku, który odebrał mu władzę w rękach, ale pozostawił dar telekinezy. Justin używa swej siły, aby zemścić się na ludziach odpowiedzialnych za jego tragedię.

Clark startuje w wyborach na przewodniczącego klasy. Kiedy dwóch kandydatów zostaje zaatakowanych przez rój pszczół, Clark podejrzewa, że ktoś próbuje pozbyć się konkurentów.

Clark musi powstrzymać skażonego meteorytem Tylera Randalla. Chce on swym śmiertelnym dotykiem ulżyć chorym i starym...

Martha potrąciła pewnego chłopca. Kentowie opiekują się nim, dopóki nie odnajdą się jego rodzice. Nie zdają sobie jednak sprawy, że chłopiec potrafi czytać w myślach.

Clark musi rozwiązać zagadkę kwiatu, Nikodemusa. Roślina zatruwa mieszkańców i zmienia ich zachowania, Lana próbuje uwieść Clarka, a Pete usiłuje nawet zabić Leksa.

Pojawia się dawny wróg Leksa i Clark stara się zapewnić mu ochronę. Musi uniemożliwić Chloe poznanie tajemnicy związanej z jego adopcją.

Złodzieje włamują się do rezydencji Leksa Luthora. Jest tak pilnie strzeżona, że Clark i Lex podejrzewają, iż rabusie umieją przenikać przez ściany...

Podczas burzy Clark ratuje szkolnego kolegę, Erica. Jeden z piorunów trafia jednak w chłopców. Na skutek porażenia wszystkie moce Clarka przechodzą na Erica.

Bob wpływając na Johnathana,ny sprzedał swą rodzinną fermę, wykorzystał zdolności kontrolowania cudzego umysłu. Clark wraz z Kyle'em próbuje temu przeciwdziałać.

Nastolatka Amy Palmer ma obsesję na punkcie Leksa. Prześladuje go jej brat, który napił się trucizny sporządzonej ze zmutowanych róż. Z pomocą Leksowi przychodzi Clark.

Podczas wycieczki do Metropolis Clark przy pomocy swoich zdolności pomaga pewnemu bezdomnemu. Przypadkowym świadkiem tego wydarzenia jest skorumpowany policyjny detektyw, Phelan...

Earl Jenkins cierpi na nieuleczalną chorobę spowodowaną skażeniem w pracy. Gdy pewnego dnia uczniowie ze szkoły Clarka zwiedzają jego zakład - bierze ich jako zakładników.

Clark musi ocalić Pete'a, któremu grozi pożarcie przez Jodi. Dziewczyna jest na diecie z warzyw. Clark w porę domyśla się, że jest chora i zabiera Jodi do szpitala. Lex bada meteoryt.

Clark jest wycieńczony, koszmary nie pozwalają mu spać. Spotyka kobietę-medium Cassandrę Carver. Lex aranżuje seans z jej udziałem, aby poznać tajemnice Clarka.

Lex umawia Clarka i Lanę na spotkanie. Niestety, w okolicy pojawia się Sean Kelvin, wróg młodego Supermana. Cierpi on na hipotermię. Aby przeżyć, potrzebuje ciepła innych.

Clark odkrywa, że jego wzrok działa jak rentgen. Wykorzystuje tę zdolność, będąc świadkiem napadu na bank. Wszystko wskazuje na to, że napastnikiem był Lex.

Wbrew woli Jonathana młody Superman wstępuje do drużyny futbolowej. Odkrywa, że trener uległ działaniom meteorytu i razi ogniem każdego, kto może zagrozić jego pozycji.

Greg Arkin, szkolny kolega Clarka, zostaje zaatakowany przez wirusa z planety Krypton. Staje się agresywny wobec Lany. Superman musi jej pomóc, nie zdradzając przy tym swoich umiejętności.

Rok 1989. Na Smallville w Kansas spada deszcz meteorytów. Małżeństwo Kentów znajduje statek kosmiczny i chłopca. Wychowują go jak syna. Mija 12 lat. Chłopiec wykazuje niezwykłe zdolności.