Lex zapada w śpiączkę. Miewa wizje, w których cieszy się powszechnym szacunkiem. Stracił jednak zaufanie Lionela. Lana dostaje zapaści i Luthor musi podjąć kilka ważnych decyzji.

Martha zostaje zarażona nieznaną chorobą. Fine twierdzi, że jedynym lekiem jest zniszczenie Fortecy Samotności. Clark powstrzymuje profesora, który znika wraz ze statkiem z hangaru Leksa.

Clark otwiera paczkę ze srebrnym kryptonitem. Pod wpływem działania kryształu ma halucynacje. Lex chce zbliżyć się do Lany. Prof. Fine ujawnia swoją tożsamość i pomaga Clarkowi.

Lois widzi, jak zostaje potrącona młoda Melissa, która wcześniej błagała ją o spotkanie. Rozpoczyna śledztwo w sprawie jej śmierci. Na farmie Kentów zjawia się dawny przyjaciel Jonathana.

Prof. Fine proponuje Clarkowi posadę asystenta przy badaniu eksperymentów LuthorCorp. Firma ta wyprodukowała broń o nazwie Lewiatan. Clark i prof. Fine zawierają sojusz przeciwko Luthorowi.

Lana zapisuje się na uniwersytet i zostaje przyjęta do studenckiego stowarzyszenia. Jej nowe koleżanki podczas inicjacji zamieniają ją w wampira i instruują, jak ma zabić Clarka.

Chloe prosi o pomoc w sprawie swojego przyjaciela, Gabriela. Chce on wystrzelić rakietę, która zniszczy Smallville. Clark w pojedynku z Gabrielem zostaje postrzelony i umiera.

Jor-El pozbawia mocy Clarka, który staje się zwykłym śmiertelnikiem. Z zakładu psychiatrycznego wymyka się trójka pacjentów, którzy potrafią kontrolować energię. Biorą zakładników.

W Fortecy Samotności dochodzi do konfrontacji Clarka z jego ojcem Jor-Elem. Tymczasem w Smallville ląduje statek kosmiczny z dwójką Kryptonian na pokładzie, którzy szukają Clarka.

Clark ma sen, w którym widzi tragedię w Smallville. Po przebudzeniu idzie do jaskini, aby uzyskać informacje od Jor-El. Dowiaduje się, że musi natychmiast ratować świat przed zagładą.

Brendan Nash chce, aby czasy szkolne nigdy się nie skończyły. Stworzył pomieszczenia imitujące szkołę i siłą przetrzymuje w nich kolegów. Jason i jego matka uprowadzają Leksa i Lionela.

Clark i Lana znajdują porzucone dziecko. W ciągu kilku dni malec osiąga wiek siedmiu lat. Trwa poszukiwanie leku, który powstrzyma ten proces. Genevieve nakazuje Lionelowi zamordowanie Lany.

Kevin Grady pozbawia ludzi pamięci. Doświadczył tego Clark. Od Chloe dowiaduje się, że dysponuje supermocą i nie powinien o tym nikomu mówić. Traci głowę dla Lany. Chce jej wszystko wyznać.

Dawn Stiles, rywalka Chloe w walce o koronę królowej balu, ma wypadek w wąwozie pełnym kryptonitu. Jej duch nawiedza innych i skłania do nietypowych zachowań. Chloe próbuje podpalić szkołę.

Eksplozja kryptonitu pozwala na spojrzenie w przyszłość. Lex zostaje uwięziony przez Alexandra. Próbuje on zabić Clarka i Chloe. Namawia też Lionela do powrotu do przestępczej działalności.

Do Smallville przyjeżdża Lucy, młodsza siostra Lois. Clark chce wiedzieć, po co przyjechała. Lucy mówi, że Lois znalazła się w niebezpieczeństwie. Jason oskarża Lionela o kradzież kryształu.

Jason i Lex szukają w Chinach jednego z tajemniczych kryształów. Lana i Clark też chcą go znaleźć, jednak Clark musi najpierw stoczyć walkę w wiedźmą Isobel, która ponownie opętała Lanę.

Pod samochód Lois wpada pies. Szybko okazuje się, że ma on niezwykłą moc. Jest bardzo prawdopodobne, że uzyskał ją w wyniku jednego z eksperymentów w firmie Luthora.

Geoff jest najlepszym graczem drużyny piłkarskiej Uniwersytetu Metropolis. Próbuje namówić Clarka, by został członkiem zespołu. Lois zostaje oskarżona o zamordowanie jednego z zawodników...

Lanę i Jasona atakuje nieznany sprawca. Alicia jest główną podejrzaną. Początkowo Clark broni dziewczyny, ale dowody są przytłaczające. Rozżalona Alicia demaskuje Clarka przed Chloe.

Alicia wychodzi ze szpitala psychiatrycznego i przyjeżdża do miasta. Chce odzyskać miłość Clarka. Przy pomocy czerwonego kryptonitu doprowadza do tego, że chłopak chce się z nią ożenić.