Lincoln chciał wymienić Whistlera za Sofię i LJ-a, Jamesowi jednak udaje się zbiec. Bracia wpadają na jego ślad, gdy kontaktuje się on z agentką Firmy.T-Bag przejmuje władzę w więzieniu.

Lechero, T-Bag i Bellick pierwsi wychodzą z tunelu i zostają złapani. Scofieldowi, Whistlerowi, Mahone'owi i McGrady'emu udaje się uciec. Czeka na nich Lincoln.

Ulewny deszcz wymusza zmianę planów - Michael i jego wspólnicy postanawiają uciec jeszcze tej nocy. Scofield zgadza się przyjąć do grupy uciekinierów jeszcze trzech współwięźniów.

Scofield, Mahone, Whistler i Lechero chcą uciekać przez tunel. Sammy przejmuje władzę w Sonie. T-Bag nakłania Bellicka do pojedynku z Sammym. Scofield i Mahone chronią się w szybie.

Nowy dowódca straży, generał Zavala, orientuje się, że Scofield był zamieszany w obydwie próby ucieczki. Stawia mu ultimatum - albo wszystko mu opowie, albo czeka go śmierć w karcerze.

Self przejmuje Scyllę. Zrzuca na Scofielda i jego ekipę winę za morderstwa. Chce sprzedać zdobycz i liczy na Gretchen. T-Bag ma go do niej doprowadzić. Generał Krantz zabija Howarda Scuderi.

Michael, Lincoln, Alex i Sucre łamią system zabezpieczeń Scylli. W skarbcu Firmy czekają już tylko na generała Krantza. Ochrona odbiera alarm o włamaniu. Krantz zarządza izolację budynku.

Scofield, mimo choroby, zostaje z drużyną. Zbliża się najważniejszy moment - włamanie do głównej siedziby Firmy. Gretchen próbuje przejąć szóstą Kartę. Sucre i Mahone forsują ścianę.

Zespół Scofielda jest pogrążony w żałobie po śmierci Bellicka. Gretchen przekazuje brakujące strony schematu Whistlera. Tymczasem Firma chce przenieść swoje archiwum do Pensylwanii.

Wyatt zostaje złapany. Lincoln żąda, by skontaktował się ze swoim szefem w Firmie. Wkrótce T-Bag wprowadza Michaela, Lincolna, Sucre i Bellicka do biurowca Gate...

Lincoln chce obezwładnić generała Krantza i odebrać mu szóstą Scyllę. Planują napad na ulicy. Gretchen chce zostać wspólniczką Scofielda i Don wyraża zgodę na ten układ.

Gretchen znajduje T-Baga w jego kryjówce. Kolejny posiadacz Scylli jest w Las Vegas, więc Linc, Sucre, Sara i Roland ruszają jego tropem. Scofield i Bellick zostają zatrzymani...

Następnym posiadaczem Scylli okazuje się Nathaniel Edison - właściciel konia, który jest faworytem w gonitwie. Scofield i jego ekipa udają się na zawody.

Alex spotyka się ze swoją żoną Pam. Ma ona nadzieję, że znajdzie on zabójcę ich synka i wymierzy mu sprawiedliwość. Dzięki pomocy Rolanda Mahone ustala, kto mógł dopuścić się morderstwa.

Scofield i jego ludzie śledzą konsula Turcji. Okazuje się, że na Scyllę ma towarzysząca mu żona, Lisa Tabak z ochroniarzami. Obserwują ją do momentu, gdy znika ona w biurowcu firmy GATE.

Michael uważa, że agent Self wiedział o nieprzydatności karty Firmy bez pozostałych pięciu. Jeśli drużyna Scofielda w ciągu jednego dnia nie odnajdzie sześciu kart, wrócą do więzienia.

Drużyna sformowana przez agenta Selfa przybywa wojskowym samolotem do Los Angeles. Scofield i Barrows zgodzili się na współpracę. Liczą na gwarancję bezpieczeństwa dla siebie i bliskich.

Podczas poszukiwań Sary Michael zostaje aresztowany. Lincoln, który już układa sobie życie w Panamie, również traci wolność. Czeka ich wieloletni wyrok, więc oferta Dona Selfa jest kusząca.