Do egzekucji Lincolna zostało 36 godzin, a za atak na strażnika spędzi ten czas w izolatce. T-Bag pozbył się Abruzziego. Michael ogłasza, że uciekają tej nocy.

Wszyscy sądzą, że jest ich zbyt wielu i ktoś musi odejść. T-Bag jest przekonany, że pozostali chcą się pozbyć właśnie jego. Michael koncentruje się na następnym etapie ucieczki.

Podczas wizyt w izbie chorych Michael flirtuje z Sarą. Nie potrafi ukryć zazdrości, gdy dowiaduje się, że Scofielda odwiedziła jego żona Nika. Ekipa Abruzziego przekopuje się do kanału.

Bellick szantażuje Abruzziego, jednak pogłoski o jego upadku okazują się przesadzone. Pani wiceprezydent przysyła agentom Kellermanowi i Halemu 'nadzorcę'. Mają z nim współpracować.

Agenci Kellerman i Hale chcą zastraszyć Lincolna. T-Bag szuka nowego więźnia na swego 'niewolnika'. Podoba mu się Tweener, 18-letni biały chłopak. Michael nie może pozostać obojętnym.

Michael spotyka się z Sucre'em i Abruzzim. Przedstawia im plan ucieczki. W mieszkaniu Veroniki wybucha bomba. Wygląda na to, że ludzie, którzy grozili jej i Nickowi stoją ponad prawem.

Rozruchy w Fox River przybierają na sile. Dyrektor Pope negocjuje z więźniami, którzy wzięli zakładników. Gubernator Tancredi chce, by dyrektor wydał rozkaz szturmu.

Michaelowi udaje się doprowadzić do odizolowania jego bloku od reszty więzienia. Razem z Sucre'em wydostają się z celi. Nieświadoma zagrożenia dr Tancredi przychodzi do pracy...

Kellerman i Hale próbują wpłynąć na dyrektora, by przeniósł Michaela Scofielda do innego zakładu karnego. Veronica i Nick odkrywają, że nagranie z morderstwem Steadmana zostało spreparowane.

Veronica prosi o pomoc prawników, którzy pomagają niesłusznie skazanym na karę śmierci. Agenci służb specjalnych odkrywają, że Michael Scofield jest młodszym bratem Lincolna Burrowsa.

Negocjacje z mafią omal nie skończyły się dla Michaela tragicznie. Ponieważ nie udało mu się zwerbować do współpracy najgroźniejszego gangstera, musi zaufać komuś innemu.

Michael przygotowuje ucieczkę z Fox River. Zna najsłabszy punkt więzienia. Biali i czarni więźniowie tworzą tu dwa nienawidzące się obozy. Michael musi współpracować z obydwoma.

Wrobiony w morderstwo Lincoln Burrows trafia do więzienia Fox River, gdzie oczekuje na wykonanie wyroku śmierci. Trzy tygodnie przed egzekucją dostaje się tam jego brat Michael...