Gibbs po konfrontacji Dinozza z Michaelem Rivkinem udaje się do Izraela. Ojciec Zivy okazuje się tajemniczym i władczym szefem Mossadu. Gibbs musi podjąć strategiczne decyzje.

Tajne spotkanie przedstawicieli władzy kończy się morderstwem agenta z Departamentu Bezpieczeństwa Narodowego. Gibbs i jego zespół rozpoczynają śledztwo. Muszą nawiązać współpracę z FBI.

Gibbs i McGee rozpracowują w Los Angeles komórkę terrorystyczną. W związku z pojawieniem się agenta Mossadu Michaela Rivkina, Tony jest zmuszony zakwestionować lojalność Zivy wobec NCIS.

Gibbs i McGee lecą do Los Angeles, aby pomóc w śledztwie dotyczącym morderstwa żołnierza. Sprawa ma związek z terroryzmem. W tym czasie Tony i Ziva prowadzą dochodzenie w Waszyngtonie.

Abby zastępuje zaginionego naukowca w tajnych badaniach na zlecenie rządu. Agenci ustalają, że projekt nad którym pracuje jest powiązany ze sprawą morderstwa prowadzoną przez NCIS.

Agent CIA Trent Kort kontaktuje się z Gibbsem i prosi go o pewną przysługę. Angażuje go w śledztwo dotyczące jednego z najbardziej poszukiwanych przestępców przez NCIS - Jonathana Siravo.

Zespół prowadzi śledztwo w sprawie morderstwa. Dochodzenie jest nietypowe, nie ma bowiem ciała ofiary. Jedynym tropem jest narzędzie zbrodni, które pewna matka odkryła w rzeczach syna.

Gibbs i DiNozzo wracają z Arizony. Okazuje się, że Ziva i McGee pojechali do Chicago, by prowadzić śledztwo w sprawie morderstwa boksera, który - jak twierdzi dyrektor NCIS - był żołnierzem.

Umiera jeden z agentów NCIS. Śledztwo doprowadza Gibbsa i DiNozzo na pustynię, gdzie próbują oni wytropić kobietę, która może pomóc w rozwiązaniu kryminalnej zagadki.

Zamordowano świadka, którego zeznania doprowadziły do skazania przestępcy. Trop prowadzi do jednego z dochodzeń Tony'ego. Gibbs i DiNozzo zamieniają się więc na czas śledztwa rolami.

Detektywi rządowej agencji NCIS tropią i wykrywają przestępstwa związane z marynarką wojenną lub korpusem piechoty morskiej.

Zostaje odnaleziony żołnierz piechoty morskiej. Był poddawany torturom. Dochodzenie prowadzi agentów do świadka, który ma w sądzie składać zeznania obciążające niebezpiecznego przestępcę.

W więzieniu dla kobiet w Maryland wybuchają zamieszki spowodowane zamordowaniem strażnika. Agent Timothy McGee jest przetrzymywany jako zakładnik. NCIS musi wyjaśnić okoliczności zbrodni.

Zbliżają się święta Bożego Narodzenia. Agent Gibbs i zespół NCIS zmuszeni są do wytężonej pracy. Ich śledztwo komplikuje się, gdy wychodzi na jaw, że główny podejrzany nie żyje.

Zespół NCIS bada okoliczności śmierci oficera. Trop prowadzi agenta Gibbsa w podziemny świat brutalnych walk. Czy udział w nim przyczyniło się do śmierci oficera?

Agentka Lee, która okazała się szpiegiem w NCIS, ma pomóc w schwytaniu przestępców odpowiedzialnych za ujawnianie tajnych akt rządowych. Dzięki niej agenci mają dotrzeć do Teda Bankstona.

Gibbs zleca agentowi DiNozzo i Zivie włamanie się do wojskowego systemu zabezpieczeń. Okazuje się, że zadanie jest prowokacją, która ma wskazać szpiega w NCIS. Jeden z agentów jest zdrajcą.

Detektywi rządowej agencji NCIS tropią i wykrywają przestępstwa związane z marynarką wojenną lub korpusem piechoty morskiej.

Agent DiNozzo prowadzi śledztwo w sprawie samobójstwa oficera i dowiaduje się, że nieco wcześniej zginęła jego żona. Wykrywa, że w chwili rzekomego samobójstwa oficer też już nie żył...

Leon Vance po zabójstwie dyrektor Jenny Shepard podejmuje decyzję rozwiązania zespołu Gibbsa. Ziva zostaje wysłana jako tajna agentka do Izraela. Jethro dostaje zadanie wytropienia szpiega.