Keller i drużyna z Atlantydy spotykają się z Widmem Toddem. Keller zdobywa cenne dane z laboratorium Michaela. Uważa, że uda jej się zlikwidować problem spożywania ludzkiej siły przez Widma.

Todd informuje Atlantis, że grupa Widm posiada kilka ZPM, którymi mają zamiar zasilić nowy, potężny Rój. Mówi Woolseyowi, że powinien natychmiast zniszczyć statek

Atlantis otrzymuje komunikat od zbliżającego się statku-roju. Jest na nim Michael - Widmo, którego próbowano zmienić w człowieka.

Nowy wojskowy kontyngent zostaje wysłany z Ziemi przy pomocy gwiezdnych wrót, aby przejąć kontrolę nad dowództwem Atlantydy i uchronić miasto przed zbliżającym się atakiem Wraith.

Nowy wojskowy kontyngent zostaje wysłany z Ziemi przy pomocy gwiezdnych wrót, aby przejąć kontrolę nad dowództwem Atlantydy i uchronić miasto przed zbliżającym się atakiem Wraith.

Detektyw John Sheppard i agent FBI Richard Woolsey prowadzą w alternatywnej rzeczywistości dochodzenie w sprawie serii morderstw w Las Vegas. Być może za zabójstwa odpowiedzialne są Widma.

Mieszkańcy Taranis korzystają z energii geotermalnej. Przywódca wioski prosi o pomoc w naprawie generatora osłony...

Armada statków rasy Wraith zmierza w kierunku Atlantydy. McKay proponuje podjęcie próby reaktywacji orbitalnej platformy ochronnej, używanej przez Starożytnych.

Złodziejka wykorzystuje przyrząd Pradawnych do zamiany swojej osobowości z dr Keller. Gdy usiłuje uciec z Atlantis, dr Keller musi stawić czoła jej wspólnikom oraz ścigającym ją wieśniakom.

Porucznik Michael Kenmore budzi się z zanikiem pamięci. Dr Beckett stwierdza amnezję. Michael ma koszmary. Wydaje mu się, że jest Widmem.

Teyla jest dręczona przez powtarzające się senne koszmary. Zaczyna przypominać sobie okres, kiedy z ojcem znalazła się w niewoli u rasy Wraith.

Pułkownik Carter zaprasza do Atlantis Teal'ca, aby pomógł Rononowi. Zostanie on poddany ocenie przez komitet doradczy. Wojownicy słyszą, że Widma przedostały się na Midway i na Ziemię.

Pojawia się krótka okazja wysłania wiadomości na Ziemię. Członkowie wyprawy na Atlantydę nagrywają pozdrowienia dla swoich ukochanych.

McKay otrzymuje zaproszenie od Malcolma Tunneya do udziału w naukowym pokazie dotyczącym globalnego ocieplenia. Tunney prezentuje technologię, nad którą McKay wcześniej pracował.

Ekipa odnajduje dwie kapsuły. W jednej z nich znajduje się starsza kobieta. Promień energii przenosi jej świadomość do ciała Elizabeth Weir.

Załoga poszukuje cennego modułu o nazwie Zero Point Module, który został rzekomo ukryty na planecie Dagan. Ich nowi sojusznicy mają zupełnie odmienne cele.

Załoga poszukuje cennego modułu o nazwie Zero Point Module, który został rzekomo ukryty na planecie Dagan. Ich nowi sojusznicy mają zupełnie odmienne cele.

John Sheppard zostaje uprowadzony przez Acastusa Kolyę. Woolsey i McKay dokonują wstrząsającego odkrycia dotyczącego starożytnej rasy Sakari, która ma zdolność manipulowania ludźmi.

Starsza kobieta zostaje odnaleziona w Atlantydzie w stanie dziwnego zawieszenia. Jest to dr Weir, która opowiada załodze o swojej podróży tysiące lat w głąb historii tego wspaniałego miasta.

Michael i jego hybrydy dostają się do Atlantis w poszukiwaniu dziecka Teyli i po kolei przejmują systemy miasta. Sheppard, Lorne i ich ludzie muszą odbić miasto.

Załoga znajduje raj, który mógłby być idealnym miejscem dla wszystkich uciekinierów szukających schronienia przed złowrogimi Wraits. Miejscowa ludność uważa, że ich bogini na to nie pozwoli.

Kilku mieszkańców Atlantydy zostaje zainfekowanych śmiertelnym wirusem. Wymusza to wprowadzenie kwarantanny i zamknięcie całego miasta.

Zespół Shepparda prowadzi śledztwo w sprawie zestrzelonego statku Wraith. Lądują na planecie w towarzystwie jednego ocalałego.

Członkowie ekipy Atlantis mają nadzieję, że uda im się wyeliminować Replikatory. Chcą doprowadzić do współpracy z flotą statków-rojów. Niewiele jednostek decyduje się jednak przyłączyć.

Major Sheppard rozpoczyna niebezpieczną grę z żołnierzami, którzy przejęli kontrolę nad Atlantydą. Wzięli oni do niewoli Weira i McKay.

Po nadejściu wielkiego huraganu mieszkańcy miasta zostają zmuszeni do ewakuacji. Sytuacja pogarsza się, gdy miasto zostaje zaatakowane przez Genii. Cała nadzieja w Sheppardzie.

Załoga Atlantydy przymierza się do wykorzystania unikalnej atmosfery planety, aby pozyskać niezbędną energię do przejścia przez bramę powrotną do domu na Ziemi.

Załoga odkrywa na planecie Genii rolniczą społeczność, z którą planuje wymianę handlową. Sheppard i McKay zostają przesłuchani - okazuje się, że Genii mogą okazać się zawodnymi sojusznikami.

Załoga zaczyna interesować się lekarstwem, nad którym prowadzone są badania w innym wszechświecie. Może ono odstraszyć Wraitha przed tragicznym w skutkach żerowaniem na ludziach.

Załoga jest zmuszona do awaryjnego lądowania na planecie, której mieszkańcy w obawie przed rasą Wraith praktykują rytualne samobójstwa w wieku dwudziestu pięciu lat.

Po kolejnym niebezpiecznym spotkaniu z rasą Wraith mieszkańcy Ziemi przypuszczają, że wśród nich znajduje się zdrajca. Podejrzenie pada na Athosian.

Uszkodzony Puddle Jumper utknął na drodze, przekraczając orbitalne wrota. Załoga ma zaledwie 38 minnut na naprawę, w innym wypadku wrota się zamkną, a statek zostanie przecięty na pół.

Kosmicznemu intruzowi udaje się przeniknąć do miasta, co zagraża bezpieczeństwu bazy. Dr McKay zaczyna eksperymentować z obcą technologią, przez co może wylądować w poważnych kłopotach.

Sheppard próbuje przekonać Weir, aby wyruszyli z misją ratunkową na pomoc pułkownikowi Sumnerowi, Teyli i innym pojmanym przez Wraith. Tymczasem Sumner staje oko w oko z Wraith.

Serial nawiązuje do 'Gwiezdnych Wrót SG-1', choć ma nowych bohaterów. Akcja toczy się już po przygodach grupy SG-1 w odległej galaktyce.

Odkrycie posterunku pozostawionego przez Starożytnych prowadzi nową załogę Gwiezdnych Wrót do odległej galaktyki Pegaza. Na miejscu naukowcy odkrywają planetę zamieszkałą przez ludzi.