Pingwiny zwracają uwagę, że noc jest wyjątkowo cicha. Okazuje się, że wszystkie zwierzęta postanowiły wymknąć się z zoo i oddać zabawie w parku.

Koala Leonard po obejrzeniu zbyt wielu filmów o nindżach zaczyna terroryzować wszystkich, atakując ich nocą podczas snu. Natomiast Szeregowy dostaje pod opiekę cztery urocze kaczątka.

Szeregowy ulega porywowi serca i ignorując lęk, postanawia pomóc zagubionemu lampartowi morskiemu w powrocie na Antarktydę.

Mieszkańcy zoo uważają, że za nieszczęśliwym wypadkiem, któremu uległa staruszka - Gladys, stoi nieobliczalny Król Julian. Lemur wpada w poważne tarapaty.

Pingwiny kontynuują walkę ze swym największym wrogiem, doktorem Bulgotem.

Do Nowego Jorku wraca największy wróg pingwinów - doktor Bulgot. Złoczyńca przygotował tak diaboliczny plan, że brzmi on niczym symfonia zła.

Wehikuł czasu wynaleziony przez Kowalskiego dostaje się w posiadanie Króla Juliana. Lemur niszczy urządzenie i zostaje uwięziony w innym wymiarze.

Pies Elmer poszukuje przyjaciela. Wkrótce okazuje się, że będzie nim Mort.

Szeregowy nadepnął kiedyś na ślimaka Dale'a. Teraz ten postanawia się zemścić. Dochodzi do konfrontacji.

Bliźniaki Wezuwiusz adoptują Juliana i Morta, zabierając ich do swojego luksusowego apartamentu. Lemury nie mają pojęcia, jak trudny los ich czeka.

Największy koszmar pingwinów staje się rzeczywistością. Podczas wyprawy żeglarskiej wiatr zwiewa je do zoo w Hoboken. Jednak tamtejsze zwierzęta są szczęśliwe, a zoo jest prawdziwym rajem.

Tupecik inspektora przypadkowo trafia na głowę Maurice'a. Julian i Mort są przekonani, że przyczepił się do niego potwór, więc postanawiają go przepędzić.

Zakochany w delfinicy Doris Kowalski buduje laser, który wysyła promienie miłości.

W zoo wybucha panika, gdy rozchodzi się plotka, że boa Savio uciekł z ogrodu zoologicznego w Hoboken i planuje się zemścić.

Nieloty wyruszają na dno Atlantyku, aby wyłowić stamtąd stuletniego śledzia. Śledziowa uczta zamienia się jednak w katastrofę.

Szeregowy mrucz pod nosem, wygłaszając w ten sposób fragmenty dzieł Szekspira.

Pingwiny odwiedza niespodziewanie wujek Szeregowego, Nigel. Skipper, Rico i Kowalski dość szybko zaczynają mieć go dość.

Szeregowy odkrywa w sobie niezgłębione dotychczas pokłady uroku osobistego. Dzięki nim nieloty być może staną się niepokonane.

Kowalski chce maksymalnie wzmocnić swój mózg, ale zamiast tego cofa się w rozwoju i zaczyna zagrażać oddziałowi.

Szczury ściekowe mają wielki plan. Aby pokrzyżować im szyki, pingwiny wysyłają Morta w przebraniu.

Pingwiny postanawiają zacząć robić dobre uczynki. Okazuje się to trudniejsze niż sądziły.

Szeregowy ulega urokowi pielęgniarki Shawny. Szuka sposobu, by ponownie ją spotkać. Dochodzi do wniosku, że jedyną okazją będzie wizyta w szpitalu, więc postanawia doprowadzić do drobnego wypadku.

Alice nadużywa chloru sprzątając wybieg wydr i Marlenka ulega wybieleniu.

Pingwiny gubią plan genialnego wynalazku Kowalskiego. Trafia on do muzeum i zostaje uznany za dzieło sztuki. Ptaki muszą działać, bo jeśli wpadnie w niepowołane ręce, skutki mogą być opłakane.

Król Julian wysyła życzenie do gwiazdy. Otrzymuje więcej, niż to o co prosił. W ręce władczego lemura trafia diamentowy naszyjnik. Okazuje się, że również ktoś inny bardzo chciałby go mieć.

Z okazji Gwiazdki zoo zostaje zamknięte. Zwierzęta szykują się, by świętować dzień bez towarzystwa ludzi. Pojawiają się dekoracje, jedzenie, prezenty, a z wizytą przybywa Mikołaj.

Skipper zakazuje Kowalskiemu tworzenia nowych wynalazków, ale pingwin pracuje nad urządzeniem emitującym promienie niewidzialności. Nieloty ruszają także w pościg za wózkiem z dzieckiem.

Kowalski kończy budowę urządzenia do czytania w myślach. Potrzebny jest mu już tylko procesor. Akurat posiada go Mort. Szeregowy obawia się borsuków, które przybyły do zoo.

Mały pancernik poszukuje Pana Talona, z którym ma porachunki. Jego zdaniem jest nim jeden z pingwinów. Zoo grozi katastrofa. Szeregowy chce awansować na wyższy stopień.

Dzieciaki bawią się na terenie zoo w zakażonego berka. Julian jest przekonany, że roznoszą zarazę. Mieszkańców ogrodu zoologicznego ogarnia panika.

Na rynku pojawiła się nowa, mówiąca wersja laleczki Rico. Aby ją zdobyć, pingwin musi zaryzykować utratę przyjaźni. Ktoś fotografuje pingwiny w akcji i umieszcza zdjęcie na plakacie zoo.

Król Julian dowiaduje się, że istnieje święto, podczas którego wszyscy nawzajem płatają sobie różne zabawne figle.

Nieloty opiekowały się jajkiem. Teraz wykluwa się z niego kaczuszka. Wychodzi na jaw, że będąc wewnątrz skorupki, wiele się od nich nauczyła.

Pingwiny nieumyślnie wypuszczają koalę Leonarda na Manhattan i muszą szybko go odnaleźć, zanim ktoś to zauważy. Równocześnie podejrzewają, że nowy wąż boa odpowiada za znikanie małych ssaków w zoo.

Skiper to lider grupy pingwinów, Kowalski jest strategiem, Rico to spec od zadań specjalnych. Szeregowy wykonuje prace pomocnicze.

Komisarz ma uroczyście otworzyć wesołe dziecięce zoo.

Podczas wycieczki do zoo jeden z uczniów dostrzega pingwiny w akcji. Oddział nielotów rusza za nim do muzeum, aby odebrać mu pewien artefakt.

Pingwiny wysyłają Rico, by pomógł Julianowi. Ku zaskoczeniu otoczenia obaj się zaprzyjaźniają. Ich zażyłość sprawia, że losy zoo są zagrożone.

Pingwiny spotykają idola Skippera - Rockguta i ulegają jego czarowi. Jednak stary agent ma jedną wadę. W każdym zwierzęciu w zoo widzi swojego największego wroga, Czerwonego Wiewióra.

Pingwiny zwracają uwagę, że noc jest wyjątkowo cicha. Okazuje się, że wszystkie zwierzęta postanowiły wymknąć się z zoo i oddać zabawie w parku.

Szeregowy ulega porywowi serca i ignorując lęk, postanawia pomóc zagubionemu lampartowi morskiemu w powrocie na Antarktydę.

Szeregowy znajduje porzucone komiksy. Skipper każe je zniszczyć, ale chłopaki potajemnie je ukrywają. Następnie Szeregowy mruczy pod nosem wersety z Szekspira.