Serial „Kyle XY” to opowieść o nastolatku, który pewnego dnia budzi się w lesie całkiem nagi. Chłopak idąc przez pobliskie miasto zostaje zatrzymany przez policję. Nic nie pamięta, nawet swojego imienia, nie potrafi nawet mówić. Policja przekazała go do ośrodka dla nastolatków, gdzie został on zbadany przez psycholog Nicole Trager po tym, jak zauważono u niego brak pępka. Nicole nadała mu imię Kyle oraz postanawiła zabrać go do swojego własnego domu. Nastolatek okazuje się być bardzo uzdolnionym chłopcem, co jest dla wszystkich niezrozumiałe, bo jak ktoś, kto nie potrafi mówić, oblicza nawet najtrudniejsze zadania matematyczne? Rodzina Tragerów zaakceptowała go jako nowego członka rodziny, jednak nie wiedząc oni do końca kim naprawdę jest, oraz jakie posiada zdolności.