Przygody kapitana Benjamina Sisko (Avery Brooks) i załogi dowodzonej przez niego stacji kosmicznej Deep Space Nine. W roku 2369 dobiegła końca okupacja mieszkańców planety Bajor przez Kardazjan. Położona niedaleko Bajor stacja kosmiczna Terok Nor została opuszczona przez kardazjańską załogę, a jej systemy pokładowe uległy zniszczeniu. Po pewnym czasie tymczasowe władze Bajoran i Federacja, które przejęły stację, postanowiły ponownie uruchomić jednostkę, zwaną teraz Deep Space Nine. Na jej pokład wkroczyła załoga pod przewodnictwem kapitana Benjamina Sisko. Nie wszyscy Bajoranie zaakceptowali wznowienie pracy stacji, wciąż pamiętając krzywdy, jakie wyrządzili im kardazjańscy okupanci. Większość z nich uznała jednak Sisko za wysłannika czczonych przez nich bogów, kiedy ten odkrywa pierwszy stabilny i w pełni niezależny tunel nadprzestrzenny. Prowadzi on na drugą stronę galaktyki, do kwadrantu Gamma. Okazuje się, że ten rejon kosmiczny znajduje się pod panowaniem wrogo nastawionej do obcych, niebezpiecznej rasy Dominium. Niebawem załoga stacji musi stawić czoła najeźdźcom i obronić swoją część galaktyki - kwadrant Alfa.