Agentka FBI Olivia Dunham (Anna Torv), wybitny naukowiec Walter Bishop (John Noble) i jego syn Peter (Joshua Jackson) wspólnie badali niewyjaśnione sprawy z pogranicza nauki. W przeszłości Walter za wiarę w zjawiska paranormalne został umieszczony w szpitalu psychiatrycznym, gdzie przebywał wiele lat. Zespół rozwiązujący nietypowe zagadki znalazł się w centrum dramatycznych wydarzeń. Peter wyruszył do alternatywnego świata, by spotkać się ze swoją biologiczną matką. Doszło tam do walki, w której Walter i Olivia stawili czoło swoimi sobowtórom. William Bell poświęcił życie, co utorowało drogę powrotu do rzeczywistości Peterowi, Walterowi i sobowtórowi Olivii.